En la definición de enzima se dice que son "extraordinariamente específicas", esto quiere decir que puede haber dos moléculas químicamente muy parecidas entre sí y sin embargo, una enzima es capaz de reconocer como sustrato solamente a una de ellas y por lo tanto transformarla en producto, cosa que no puede hacer con la otra molécula. Los catalizadores no enzimáticos pierden esta propiedad. Si, por ejemplo, hay uno que interviene en una reacción en la que un alcohol es transformado en otra substancia, el catalizador no proteico puede ser efectivo con cualquier alcohol. La especificidad está relacionada con la estructura tridimensional de la molécula de enzima.
Otro aspecto importante que hay que notar es el de que generalmente la enzima es mucho más grande que su sustrato.
La Ecuación 6.1 y la Figura 6.1 muestran la forma característica de representar una reacción catalizada por una enzima, se puede apreciar que la ecuación consta en realidad de dos reacciones, en el extremo izquierdo se observa que la enzima (E) reacciona con algún compuesto al cual se le llama sustrato (S), la enzima y el sustrato forman el complejo enzima - sustratoproducto , el cual puede seguir dos caminos: regenerar E y S, o bien romperse en la enzima libre y el (P).
6.1
El papel que ha desempeñado la enzima en la Reacción (6.1) es transformar químicamente al sustrato, convirtiéndolo en otro compuesto (P).
También hay que recalcar que, al final, la enzima no ha sufrido ninguna modificación química (es un catalizador), por lo que queda habilitada para iniciar un ciclo nuevo: reaccionar con otra molécula de S y convertirla en P y así sucesivamente. Una sola molécula de enzima puede transformar un número muy alto de moléculas de sustrato.