Las proteínas desempeñan una cantidad extraordinariamente grande de funciones dentro de la organización de un ser vivo. Es asombroso que tan solo 20 aminoácidos combinados en diferentes secuencias y cantidades produzcan cabellos, clara de huevo, cuernos o venenos y que el cambio de un aminoácido por otro, dentro de una secuencia determinada, produzca albinismo, anemia del mediterráneo, hemofilia etc.
Tal vez la mejor forma de clasificar a las proteínas es por la función que tienen, ya que así se obtiene una buena apreciación del papel que desempeñan en los seres vivos.
Desde este punto de vista se mencionan los siguientes grupos de proteínas, de acuerdo a la base de datos SCOP (structural classification of proteins):
1. Proteínas fibrosas
1.1 Proteínas del cito esqueleto.
1.2 Proteínas de la matriz extracelular.
2. Proteínas globulares.
2.1 Proteínas plasmáticas.
2.1.1 Factores de coagulación.
2.1.2 Proteínas de fase aguda.
2.2 Hemoproteínas.
2.3 Proteínas de adhesión celular.
2.4 Proteínas de transporte transmembranal.
2.4.1 Canales iónicos.
2.4.2 Proteínas de simporte/antiporte.
2.5 Hormonas y factores de crecimiento.
2.6 Receptores.
2.6.1 Receptores transmembranales.
2.6.2 Receptores intracelulares.
2.7 Proteínas que se unen al ADN.
2.7.1 Proteínas de regulación de la transcripción.
2.8 Proteínas del sistema inmune.
2.9 Proteínas de almacenamiento y transporte de nutrientes.
2.10 Proteínas chaperonas.
2.11 Enzimas.
2.12 Complejos constituidos por componentes múltiples, incluyendo proteínas.
Las proteínas, al estar constituidas por muchos aminoácidos, en la escala molecular son filamentos muy largos. La forma que estas estructuras adquieren en el espacio permite dividir a las proteínas en dos grandes grupos (Fig. 5.1).
1. Proteínas fibrosas: Como su nombre lo indica, el polipéptido está extendido formando fibras muy largas. Generalmente este arreglo espacial es el que adoptan las proteínas que desempeñan una función estructural. Estas moléculas no son solubles en agua.
2. Proteínas globulares: En este caso, la larga cadena polipeptídica se enrolla sobre sí misma para producir un “ovillo” de dimensiones, relativamente muy pequeñas. Esta es la forma como se encuentran muchas proteínas que tienen una función activa y no solamente esquelética.
Otra forma de clasificar a las proteínas (Figura 5.2), es por la manera en que se encuentran en la naturaleza: hay algunas proteínas que están asociadas a otros compuestos no proteicos, que pueden ser orgánicos o inorgánicos, este tipo de proteínas denominan proteínas conjugadas, para distinguirlas de las que se encuentran sin asociación a otras substancias que se llaman proteínas simples. Como ejemplo de proteínas conjugadas, se tiene a las que están asociadas a lípidos, conocidas como lipoproteínas; las metaloproteínas están conjugadas con metales y con carbohidratos las glucoproteínas. A la parte no aminoacídica de una proteína conjugada, se le conoce con el nombre de grupo prostético.