Se han hecho estudios de la estructura primaria de proteínas que desempeñan exactamente la misma función, pero que han sido obtenidas de diferentes especies, las cuales pueden ser, evolutivamente hablando, o muy próximas o muy lejanas, lo que ha permitido establecer árboles genealógicos moleculares. A raíz de estos estudios se han obtenido las siguientes conclusiones:
1. Mientras más cercanas sean dos especies, por ejemplo hombre y chimpancé, hay menos variaciones en la posición que ocupa cada uno de los aminoácidos que conforman la proteína.
2. Hay algunos sitios que son ocupados por el mismo aminoácido a lo largo de la evolución (regiones invariantes), puede considerarse que esos lugares están ocupados por aminoácidos esenciales para determinar la estructura terciaria funcional de la proteína.
3. Otros dominios de la proteína muestran mayor variabilidad por lo que respecta a los aminoácidos que pueden ocupar esos lugares.