Los aminoácidos disueltos en medios con un pH fisiológico, es decir, alrededor de 7.4, tienen el carboxilo disociado y el amino protonado, o sea que se encuentran de la siguiente manera, (un poco más adelante se explica la causa de este fenómeno):
4.2
Los 20 aminoácidos comunes que forman parte de las proteínas, se clasifican, dependiendo de las propiedades de su grupo R, en los siguientes 4 grupos:
1. Aminoácidos con grupo R no polar. (Grupo R hidrófobo). Figura 4.1:
Figura 4.1 Aminoácidos con grupo R no polar (hidrófobo). (Figura elaborada por el autor).
2. Aminoácidos con grupo R polar, sin carga. (Grupo R hidrofílico). Figura 4.2:
Figura 4.2 Aminoácidos con grupo R no polar, sin carga. (hidrofílico).
(Figura elaborada por el autor).
3. Aminoácidos con grupo R cargado negativamente. (Aminoácidos ácidos). Figura 4.3:
Figura 4.3 Aminoácidos con grupo R cargado negativamente (aminoácidos ácidos).
(Figura elaborada por el autor).
4. Aminoácidos con grupo R cargado positivamente. (Aminoácidos básicos). Figura 4.4:
Figura 4.4 Aminoácidos con grupo R cargado positivamente. (Aminoácidos básicos). (Figura elaborada por el autor).
En la naturaleza, aparte de los 20 aminoácidos y los aminoácidos raros, que forman parte de las proteínas, se encuentran otros aminoácidos que tienen otras funciones, pero nunca se encuentran formando parte de las proteínas.