El M. en C. Juan José Martínez Guerra se graduó como Licenciado en Biología en la facultad de Ciencias de la U.N.A.M. y realizó estudios de Maestría en Bioinformática en la Facultad de Ciencia e Ingeniería de la Universidad de Manchester, Inglaterra.
Desde hace 40 años ha estado adscrito al Departamento de Química, del Centro de Ciencias Básicas de la Universidad Autónoma de Aguascalientes, en calidad de profesor - investigador, habiendo impartido las materias de bioquímica, biología molecular, fisiología vegetal y genética en varias carreras del área biomédica.
También ha ocupado varios puestos administrativos, entre los que destacan el de haber sido Decano del Centro de Ciencias Básicas, durante tres períodos de tres años cada uno y Jefe del Departamento de Química durante 8 años.
Perteneció a la Junta de Gobierno de la UAA de febrero de 2004 a febrero de 2014.